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mercoledì 17 marzo 2021

La riproduzione e il Covid

Da quando è cominciata la pandemia uno dei parametri di cui si parla di più è il numero di riproduzione (spesso citato come tasso di contagio o di riproducibilità): R0 se ci riferiamo a quello di base, Rt se ci riferiamo a quello netto nel tempo.

Siamo però sicuri di aver capito veramente cos'è e quanto è importante (o meno)?

Partiamo dalla definizione.

R0: In epidemiologia indica la potenziale trasmissibilità di una malattia infettiva non controllata (e quindi soprattutto la trasmissibilità iniziale, prima che vengano prese misure per combatterla). Detto altrimenti, il numero di nuovi casi sintomatici prodotti a partire da un singolo caso.
Rt: Concettualmente vale quanto scritto per R0, ma calcolato al tempo t, non all'inizio, quindi tenendo anche conto delle misure prese per combattere l'epidemia ed eventuali variazioni casuali, naturali della stessa.

Il tutto lo trovate spiegato bene qui su Wikipedia.

Ora, il problema è se questo parametro basta come base per le decisioni. Avete sentito/letto tutti le polemiche degli ultimi mesi riguardo all'uso di questo parametro per decidere aperture e chiusure.
Usando una terminologia matematica, potrei dire che il numero di riproduzione è un parametro necessario ma non sufficiente.

Perché necessario?
Perché non sufficiente?
Necessario perché è il parametro che, se calcolato correttamente, più di tutti ci permette di valutare l'evoluzione di un'epidemia (che sia il Covid o qualsiasi altra) e quindi di predisporre misure preventive.
Ma non sufficiente perché per poterci permettere ciò deve essere calcolato in base a dati completi e aggiornati. E purtroppo sappiamo benissimo che il grosso problema è proprio questo: la comunicazione dei dati.

Se i dati non sono completi hai al massimo un'indicazione di massima sulla situazione, non una vera immagine della stessa.
Se i dati non sono aggiornati (anche se magari completi) non hai un panorama attuale della situazione, ma solo un panorama della situazione di qualche giorno prima. Situazione che poteva forse essere uguale a quella attuale, ma poteva benissimo anche essere migliore o peggiore.
Però il numero di riproduzione è l'unico parametro che permette di valutare concretamente la contagiosità.
Per questo il numero di riproduzione è necessario ma, per prendere decisioni serie, da solo non basta.

Per capire bene perché il valore quotidiano, come ho scritto sopra, non è preciso si può leggere questo articolo tedesco del novembre scorso.
Per chi non mastica il tedesco il Lancet ha pubblicato il 22 ottobre scorso questo e questo articolo. Chiari e interessanti.

Al proposito di Rt molti di voi ricorderanno che a gennaio la Lombardia è stata per una settimana in zona rossa probabilmente a causa di una comunicazione errata dei dati per calcolare il numero di riproduzione.
Al di là degli errori di comunicazione... anche l'incompletezza dei dati può portare a questi effetti.

Per visualizzare bene la differenza tra l'Rt quotidiano, quello che viene calcolato giorno per giorno, e quello ricalcolato a posteriori, coi dati completi, guardate il seguente grafico.
Rappresenta l'andamento di Rt per la Germania.
In blu la curva calcolata coi dati giorno per giorno, in rosso la curva calcolata a posteriori sui dati completi (o comunque decisamente più completi).


Tre cose saltano subito all'occhio:

1) L'andamento delle curve è analogo, ma non identico;
2) I picchi - sia positivi che negativi - sono più estremi nel calcolo giorno per giorno;
3) I picchi dell'Rt ricalcolato a posteriori "anticipano" quelli dell'Rt giornaliero.

Se ci riflettete bene sono fatti in realtà prevedibili, logici.

1) I dati su cui Rt viene calcolato giorno per giorno sono incompleti, sono meno numerosi di quelli a disposizione a posteriori, ma se sono distribuiti in maniera abbastanza omogenea sul territorio è normale che si abbiano andamenti analoghi come tendenze;
2) Se calcoliamo una curva con pochi dati a disposizione e poi la ricalcoliamo con più dati a disposizione (e vale per ogni situazione, non solo per Rt) è logico che eventuali outliers sia positivi che negativi nella prima curva peseranno di più, nella seconda invece verranno moderati dalla "massa" di dati;
3) Il calcolo dell'Rt quotidiano lo riferiamo - a seconda dei metodi - a oggi o a ieri, ma i dati non raramente sono di un paio di giorni prima, quando però ricalcoliamo Rt a posteriori cerchiamo per quanto possibile di riferire i dati al giorno preciso a cui si riferiscono... e quindi molti verranno spostati all'indietro nel tempo, e la curva con loro.

Saluti,

Mauro.

sabato 11 aprile 2020

Chi vuole la riapertura delle librerie?

Scusatemi, ma stavolta faccio dietrologia.
Chi mi conosce sa che in genere odio la dietrologia.
Però stavolta tutti gli indizi e la logica portano in questa direzione.
E io non vado mai contro la logica.

Io sono un bibliomane, ho una biblioteca di migliaia di volumi a casa e considero la cultura un bene essenziale... ma stavolta sono completamente contro!!!
La riapertura delle librerie non è essenziale, non è prioritaria.
Anzi: è pericolosa!

In libreria tu tocchi i libri, li sfogli, chiedi consigli ai librai, faccia a faccia.
Lasci tracce dappertutto.
Come si fa a sanificare ogni libro toccato?
Come possono gli addetti sapere quali libri sono stati toccati e quali no?

E, al di là dei discorsi sanitari, quanti clienti avranno le librerie da martedì?
Siamo sinceri: nessuno o quasi!
Ma perderanno i sussidi, essendo aperte.
Quindi: nessun sussidio e nessun incasso.
A pensar male si fa peccato... ma la grande distribuzione (COOP, Conad & co.) ci guadagna senza se e senza ma e le catene legate direttamente agli editori (Mondadori, Feltrinelli, ecc.) probabilmente se la caveranno... le librerie indipendenti invece spariranno.

Chi ha spinto per ciò?

Leggete questo articolo scritto da librai.

Saluti,

Mauro.

venerdì 6 marzo 2020

Coronavirus e Germania

Probabilmente qualcuno dei miei quattro lettori si sarà stupito che non scritto nulla riguardo alla situzione in Germania riguardo al coronavirus.

In realtà ne ho scritto, ma non qui, bensì su Twitter.

Vi segnalo i miei due threads più importanti al proposito.

Le cose che non quadrano, pubblicato il 26 febbraio 2020.

Il primo paziente, pubblicato ieri, 5 marzo 2020.

Saluti,

Mauro.

Aggiornamento con thread di oggi, 8 marzo 2020: In Germania non si muore.

sabato 22 febbraio 2020

Noi non sappiamo se c'è un morto per coronavirus in Italia

Il morto di Schiavonia (Padova) aveva il coronavirus, ma era già ricoverato da prima per altre patologie.
Nonostante quello che sostengono giornali e telegiornali noi NON sappiamo cosa ha causato il decesso.
Senza autopsia, viste le varie patologie, NON possiamo saperlo.
Niente panico.
Preoccuparsi e stare all'erta sì, ma panico no.
Non seguite i media a caccia di click.
Punto.

Saluti,

Mauro.

Aggiornamento ore 19:00, 22.02.2020
Lo stesso discorso per ora vale per la seconda vittima italiana a Casalpusterlengo (Lodi).

Aggiornamento ore 19:00, 23.02.2020
Lo stesso discorso per ora vale per la terza vittima italiana a Crema (Cremona), che era ricoverata per un tumore.

Aggiornamento ore 02:45, 25.02.2020
Tutte le vittime italiane collegate al coronavirus avevano anche altre patologie.
Non esiste ancora conferma che il coronavirus in sè sia stato letale in Italia.
Ribadisco: se siete intelligenti preoccupatevi, ma non lasciatevi prendere dal panico!